புனித பனிமய அன்னை ஆலயம் 300 ஆண்டுகளுக்கு முன்னர், போர்த்துக்கீசிய வழிவந்த ‘பழைய மதுரை மறைத்தள’ குருக்களால் கட்டப்பட்டது. பழமையான பங்குகள் அனைத்திலும் இதே போன்ற போர்த்துக்கீசிய கட்டட அமைப்புகளை காண முடியும்; (உதாரணமாக - பழைய மரியன்னை பேராலயம் திருச்சி, திருச்சி பழைய கோவில், புறத்தாக்குடி, வடுகர் பேட்டை போன்றவை)
கிறிஸ்தவ மக்கள் முதன் முதலாக, முள்ளிப்பாடியிலிருந்து மலையடிப்பட்டிக்கு அருகில் குடியேறிய போது, 1662-இல் பணியாற்றிய Fr. இம்மானுவேல் ரோட்ரிகஸ் அவர்களால் ஓர் சிற்றாலயம் மலையடிவாரத்தில் எழுப்பப்பட்டு, அன்னை மரியாளுக்கு அர்ணிப்பணிக்கப் பட்டது (தற்போதைய சகாய மாதா குருசடி). மேலும் ஒரு மரச் சிலுவையும், மலை உச்சியில் நிறுவப்பட்டது (இச்சிலுவை இன்று வரை அழியாமல் பாதுகாக்கப்பட்டு வருகிறது).
அப்போதைய சூழ்நிலைகளில், மலைப்பாறைகள் உருள்வது குறித்து மக்கள் அச்சம் கொண்டதால் (சறுக்குப் பாறை - இதனை இன்றும் காணலாம்), மக்கள் மலையடிவாரத்தை விட்டு சற்று தள்ளி குடியேறினர். இப்பகுதியில் ஒரு சிறிய ஆலயமும் எழுப்பப்பட்டது. இதுவே தற்போது மலையடிப்பட்டி ஊர் அமைந்துள்ள பகுதி. இந்நிகழ்வுகள் 50 ஆண்டுகளாக நடந்தேறின.
1714-ஆம் ஆண்டு மலையடிப்பட்டியில் பணியாற்றியவர் அந்தோணி டயஸ் எனும் போர்த்துக்கீசிய மறைபணியாளர். இவர் தமிழில் ‘கர்த்த நாதன்’ என அழைக்கப் பட்டார். ஏற்கெனவே இருந்த கோயில் தாழ்வான பகுதியில் சதுப்பு நிலத்தில் இருந்ததால், ஒரு புதிய ஆலயத்தைப் பாளையக்காரார் முத்துநாயக்கர் தாராள உள்ளத்தோடு அளித்த நிதியுதவியோடு கட்டியெழுப்பினார். இதைப் புனித பனிமய மாதாவுக்கு அர்ப்பணித்தார். ஆலயத்தின் அருகே பங்குத்தந்தை இல்லம் ஒன்றையும் எழுப்பினார். ஆவூர் ஆலயத்தைவிடப் பழமை வாய்ந்த ஆலயமாக இது திகழ்வது குறிப்பிடத்தக்கது. இதே காலகட்டத்தில் தான், மலைமேல் ஒரு சிறிய கூரை ஆலயமும் கட்டப்பட்டது என்பது குறிப்பிடத்தகுந்தது.
மலையடிப்பட்டியின் இருண்ட காலமான இருபங்கு ஆட்சி முறை காலங்களின் போது பதுரவாதோ குருக்களான Fr.சின்னப்பன் (~1845) மற்றும் Fr. ஜோவன்னஸ் ஃபோர்டு (1849-1892) ஆகிய இரு மறைப்பணியாளர்கள் பணியாற்றினர். இவர்களின் காலகட்டத்தில் குறிப்பிடத்தகுந்த எவ்விதமான வரலாற்று முன்னெடுப்புகளும் இவ்வாலயத்தில் நிகழவில்லை (இவர்கள் குறித்து இருண்ட கால வரலாற்றின் விரிவாகப் படிக்கவும்)
1970 களுக்குப் பின்பாக, இவ்வாலயம் எதற்கும் பயன்படுத்தப் படாமல் இருந்து வந்தது. வருடத்தில் ஒரு முறை புனித பனிமய அன்னை திருவிழாவிற்கு மட்டும், இவ்வாலயத்தில் திருப்பலி நிறைவேற்றப் பட்டு வந்தன. ஒரு கட்டத்தில், பழைய சவேரியார் பாடசாலையில் (தற்போது லூர்து மாதா கெபி அமைந்துள்ள இடம்) வகுப்பறைகள் பற்றாக்குறை காரணமாக, இவ்வாலயத்தின் ஒரு பகுதி, வகுப்பறையாகவும் பயன் படுத்தப்பட்டு வந்தது. மேலும் பாஸ்காவிற்கு தேவையான அனைத்து அலங்காரப் பொருட்களையும், பாதுகாக்கும் இடமாக இதன் பின்புற அறை (சக்றீஸ்தி) பயன்படுத்தப்பட்டு வந்தது. கோவில் முழுதும் வௌவால்கள் அடைந்து, கோவிலானது மிகவும் பாழடைந்து போயிற்று.
அதுவரை, கோவிலிக்குச் சொந்தமான சப்பரம், தேர் போன்ற பொருடகள் வைப்பதற்கா ஓர் நீளமான அறை கோவிலின் எதிர்புறமாக இருந்தது. (தற்போது, ஆவூர் ஆலயத்தில் இத்தகு ஒரு கட்டடத்தைக் காண இயலும்) இந்நிலையில் தந்தை பத்திநாதர் அவர்களின் முயற்சியால் இப்பழைய அறை இடிக்கப்பட்டு, ஆலய வளாகம் விசாலமாக்கப் பட்டு, முன்புறம் ஆலய நுழைவு வாயில் அமைக்கப் பட்டது; ஓர் இரும்பு வாயிலும் பொருத்தப்பட்டது.
இந்நிலையில், Fr. T. யூஜின் அவர்கள் பங்குத்தந்தையாக இருந்த காலகட்டத்தில், ஜனவரி 1, 2007 ம் தேதி முதல் இவ்வாலயத்தை புதுப்பிக்கும் பணி முன்னெடுக்கப் பட்டது. மக்களின் தாராள உதவியுடன், 293 வயதான, இப்பழம்பெரும் ஆலயம் முழுவதுமாக புதுப்பிக்கப்பட்டு, புதுப்பொழிவு பெற்றது. மறுசீரமைக்கப்பட்ட இவ்வழகிய ஆலயமானது, 28 மார்ச், 2007 அன்று, அப்போதைய திருச்சி ஆயர் மேதகு அந்தோணி டிவோட்டா அவர்களால் அர்ச்சிக்கப் பட்டு, இறைமக்களின் ஆன்மீக நலனுக்காக மீண்டும் பனிமய அன்னைக்கு மறு அர்ப்பணம் செய்யப்பட்டது. (இவ்வேளையில், சவேரியார் தொடக்கப் பள்ளி புதிய கட்டடத்தில் செயல்படத் தொடங்கியிருந்ததால், பழைய பள்ளிக்கட்டிடம் தகர்க்கப்பட்டு, ஆலய வளாகம் விசாலமாக்கப்பட்டது).
பல ஆண்டுகள் பயன்படுத்தப்படாமல் இருந்த ஆலயத்தை தொடர்ந்து பயன்படுத்தும் தொலைநோக்குப் பார்வையோடு, அனைத்து மாலைத்திருப்பலிகளும் இவ்வாலயத்திலேயே நிறைவேற்றும் வழக்கம் தந்தையவர்களால் அறிமுகப்படுத்தப் பட்டது.
2014 ம் ஆண்டில், ஆலயத்தின் 300ம் ஆண்டு விழாவைச் சிறப்பிக்கும் விதமாக, அப்போதைய பங்குகுரு Fr. ஜோசப் அவர்களின் இவ்வாலயம் மீண்டும் மறுசீரமைக்கப் பட்டு, ஆலயத்தின் முன்பாக அன்னைக்கு நினைவு கெபி ஒன்று நிறுவப்பட்டது. மேலும், 27-09-2014 அன்று, அன்னைக்கு தங்கத் தேரோட்டமும் நடைபெற்றது. இவ்விழாவின் பெரிய தேரோட்டம் நடைபெற்ற போது, அதிசயமாக பெருமழை பொழிந்த நிகழ்வு, அன்னையின் புதுமையாகவே நம்பப்படுகிறது.
16-11- 2018- இல் (வெள்ளி) தமிழகம் முழுதும் தாக்கிய, கஜா புயலின் கோரதாண்டவத்தின் போது வீசிய கடுமையான காற்றினால், கோவிலின் மையப்பகுதியில் உள்ள (பீடத்திற்கு மேலே அமைந்துள்ள) கோபுரம் கலசம் மற்றும் சிலுவை சேதமடைந்தது. எனினும், மிகப்பெரிய சேதாரமில்லாததால், இக்கோபுரம் உடனடியாக சரிசெய்யப் பட்டது.